四大商店分别指玉石商店、积分赛商店、组织商店以及生存商店，先看玉石商店，它开启的条件是拥有一个五星忍者，在基本条件下玩家多数会得到五星的凯。多余的忍者碎片会转化为玉石，开通玉石商店功能一个s碎片会转换为二十个玉石，一个a碎片会转换为八个玉石，b忍和c碎片则少一点。多余的b忍碎片会转换为两个玉石，c碎片则会转换为一个玉石。一般前期会兑换轮回石，直到轮回石足够解锁白牙。等到轮回石足够了，后期可以兑换勾玉，白牙后一直需要兑换勾玉。

玩到大后期一般都会凑忍者，大蛇丸碎片、自来也碎片和纲手碎片等，只要是凑齐了就可以直接兑换。建议玩家等装备和通灵都在七级勾王之后再进行兑换。现在商店里还加入了水门碎片，玩家可自行选择。积分赛商店每周都会购买一次积分赛宝箱，第一次花费两百个积分还是比较便宜的。接下来一般都会先凑五星黑飞和五星蝎了，优先级顺序先五星蝎再五星黑飞。因为五星蝎在积分赛中有压场的效果，能够方便玩家取胜。前期不建议玩家选择先换黑胶，没有这个忍者也不需要着急后期打副本的时候会出现他的碎片，这个商店里材料也是不需要兑换的。

组织商店有很多比如奥秘之星和秘书之星以及勾玉等都可以无视，每周先把忍玉和铜币的三十五次拉满，最后材料一般都会买绿瓶或者是轮回石。主要是缺哪个就换哪个，饰品马上要升级的时候可以换绿水，金色可以兑换自来也，纲手在没有五星之前可以一直兑换。最后一个是生存商店，一般都是先凑五星凯，建议是在低于十需要升星的时候兑换。凑满之后一般都先兑换轮回石或者是一尾鸣人，轮回石的优先级一般会更高一些。